Скажу про свой опыт. Тоже раньше мучилась этим: пузырики, мутность и т.п. Для начала перешла с микроволновки на водяную баню, на бане основа не успевает закипеть, даже если из кухни выйти, и вообще процесс более контролируемый, а в микроволновке основа моментально плавится и закипает.
А еще перешла на немецкую основу (не сама до этого дошла: спрашивала у девочек, которые делают мыло с водорастворимкой и поверхность при этом кристальная). Стала брать немецкую основу и, действительно, ни одного пузырика и прозрачность хорошая.