Катя, яйца нумеруют именно маркером для CD
на водной основе, ничего не будет (кто разводит, так и делают), можете просто точки поставить – одну, две и т.д. А то яйцо посмотрите внимательно (можно через лупу), если есть какая-то трещинка или дырочка, то конечно, из него никто не вылупится. А если просто вмятинка, то ничего страшного.