Элина, Вы достаточно подробно описали клинику. Теперь нужно разобраться между двумя заболеваниями.
В пользу герпеса свидетельствовали бы такие симптомы- респираторные явления, высыпания на губах или около губ (пузырьки, желтоватые корочки).
Чтобы исключить обострение герпеса (судя по всему, он у парня есть еще с детского возраста), нужно:
1) сдать кровь на антитела к вирусу простого герпеса.
Однако, на мой взгляд, ситуация более похожа на хронический рецидивирующий афтозный стоматит. Для того, чтобы разобраться с этим заболеванием, нужны:
2) Конс. гастроэнтеролога - обследовать толстый кишечник (на предмет исключения колита, б-ни Крона, дисбактериоза)
3) конс. невропатолога - особенно, если была черепно-мозговая травма. Может быть, сделать МРТ.
4) Конс. иммунолога - сделать иммунограмму и при необходимости подкорректировать её.
Кстати, Вы ведь в Москве. Еще можете попасть на конс. в стомат. институт на Каляевской (академия они теперь), там и обследуетесь, и получите грамотное лечение. Младшие курсы еще недели 2 учиться должны...